Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates at a tertiary care hospital in India

ObjectiveSpoligotyping is a valuable genotyping tool to study the genetic diversity and molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis (M. tb). The aim of this study was to analyse different spoligotype patterns of M. tb strains isolated from patients with tuberculosis from different parts of India. Materials and MethodsA total of 163 M. tb isolates were spoligotyped between January 2014 and January 2015. About 47% (n = 77) were from patients with extrapulmonary tuberculosis; of these, 10 were MDR, and seven were Pre-XDR. Of the 86 M. tb isolates from patients with pulmonary tuberculosis, 25 were MDR, and 25 were Pre-XDR. ResultsWe found 61 spoligo patterns, 128 clusters in the spoligotype data base (spoldb4 data base) with spoligo international type (SIT) number and 35 true unique isolates. The most pre-dominant spoligotype was EAI lineage (56), followed by Beijing (28), CAS (20), T(9), U(7), X(3), H(3), BOVIS_1 BCG(1) and LAM(1). ConclusionAlthough our study identified EAI, CAS and Beijing strain lineages as pre-dominant, we also found a large number of orphan strains (20%) in our study. Beijing strains were more significantly associated with MDR TB than CAS and EAI lineages. Further studies on large sample sizes would help to clearly describe the epidemiology of M. tb in India. ObjectifLe spoligotypage est un outil de genotypage precieux pour etudier la diversite genetique et l'epidemiologie moleculaire de Mycobacterium tuberculosis (M. tb). Le but de cette etude etait d'analyser differents profils de spoligotypes de souches de M. tb isolees de patients atteints de tuberculose dans differents endroits de l'Inde. Materiel et methodes163 isolats M. tb ont ete spoligotypes entre janvier 2014 et janvier 2015. 47% (n = 77) provenaient de patients atteints de tuberculose extrapulmonaire; de ceux-ci, 10 etaient MDR et 7 etaient pre-XDR. Sur les 86 isolats M. tb de patients atteints de tuberculose pulmonaire, 25 etaient MDR et 25 etaient pre-XDR. ResultatsNous avons trouve 61 spoligotypes regroupant 128 isolats dans la base de donnees de spoligotypes (spoldb4) avec un numero de type spoligo international (SIT) et 35 isolats uniques vrais. Le spoligotype le plus predominant etait la lignee EAI (56), suivie des lignees Beijing (28), CAS (20), T (9), U (7), X (3), H (3), BOVIS_1 BCG (1) et LAM (1). ConclusionBien que notre etude ait identifie des souches des lignees EAI, CAS et Beijing comme predominantes, nous avons egalement trouve un grand nombre de souches orphelines (20%). Les souches Beijing etaient plus significativement associees a la TB MDR que celles des lignees CAS et EAI. D'autres etudes sur une grande taille d'echantillon aideraient a decrire clairement l'epidemiologie de M. tb en Inde. ObjetivoEl spoligotyping es una herramienta valiosa de genotipado para estudiar la diversidad genetica y la epidemiologia molecular de Mycobacterium tuberculosis (M. tb). El objetivo de este estudio era analizar los diferentes patrones de las cepas de M. tb aisladas de pacientes tuberculosos provenientes de diferentes partes de la India. Materiales y MetodosSe realizo el spoligotyping a 163 cepas de M. tb aisladas entre enero del 2014 y enero del 2015. Un 47% (n=77) eran de pacientes con tuberculosis extrapulmonar; de estos, 10 eran multirresistentes (MDR) y 7 eran Pre-extremadamente resistentes (Pre-XDR). De los 86 aislados de M. tb de pacientes con tuberculosis pulmonar, 25 eran MDR y 25 eran Pre-XDR. ResultadosEncontramos 61 perfiles de espoligotipos, 128 conglomerados en la base de datos de espoligotipos (spoldb4) con numero de espologotiopo internacional (numero SIT) y 35 aislados unicos. El espoligotipo mas predominante era de lineaje EAI (56), seguido por Beijing (28), CAS (20), T(9), U(7), X(3), H(3), BOVIS_1 BCG(1), y LAM(1). ConclusionAunque nuestro estudio identifico los linajes de cepas EAI, CAS y Beijing como predominantes, tambien encontramos un gran numero de cepas huerfanas (20%) en nuestro estudio. Las cepas Beijing estaban mas significativamente asociadas con TB-MDR que los linajes CAS y EAI. Mas estudios sobre un mayor numero de muestras ayudaria a describir claramente la epidemiologia de M. tb en la India.