Towards biome-specific analysis of meta-omics data

被引：79

作者：

Darzi, Youssef ^{[1
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Falony, Gwen ^{[2
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Vieira-Silva, Sara ^{[2
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Raes, Jeroen ^{[1
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机构：

[1] Vrije Univ Brussel, Fac Sci & Bioengn Sci, Microbiol Unit, Brussels, Belgium

[2] VIB, Ctr Biol Dis, Leuven, Belgium

[3] Katholieke Univ Leuven, Rega Inst, Dept Microbiol & Immunol, Leuven, Belgium

来源：

ISME JOURNAL | 2016年 / 10卷 / 05期

关键词：

MICROBIOTA;

D O I：

10.1038/ismej.2015.188

中图分类号：

Q14 [生态学（生物生态学）];

学科分类号：

071012 ; 0713 ;

摘要：

引用

页码：1025 / 1028

页数：4

共 12 条

[1] Integrated Metagenomics/Metaproteomics Reveals Human Host-Microbiota Signatures of Crohn's Disease [J].

Erickson, Alison R. ;

Cantarel, Brandi L. ;

Lamendella, Regina ;

Darzi, Youssef ;

Mongodin, Emmanuel F. ;

Pan, Chongle ;

Shah, Manesh ;

Halfvarson, Jonas ;

Tysk, Curt ;

Henrissat, Bernard ;

Raes, Jeroen ;

Verberkmoes, Nathan C. ;

Fraser, Claire M. ;

Hettich, Robert L. ;

Jansson, Janet K. .

PLOS ONE, 2012, 7 (11)

[2] Microbiology Meets Big Data: The Case of Gut Microbiota-Derived Trimethylamine [J].

Falony, Gwen ;

Vieira-Silva, Sara ;

Raes, Jeroen .

ANNUAL REVIEW OF MICROBIOLOGY, VOL 69, 2015, 69 :305-321

[3] Intestinal microbiota in human health and disease: the impact of probiotics [J].

Gerritsen, Jacoline ;

Smidt, Hauke ;

Rijkers, Ger T. ;

de Vos, Willem M. .

GENES AND NUTRITION, 2011, 6 (03) :209-240

[4] Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG [J].

Kanehisa, Minoru ;

Goto, Susumu ;

Sato, Yoko ;

Kawashima, Masayuki ;

Furumichi, Miho ;

Tanabe, Mao .

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2014, 42 (D1) :D199-D205

[5]

Kim Mincheol, 2013, Genomics & Informatics, V11, P102

[6] Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers [J].

Le Chatelier, Emmanuelle ;

Nielsen, Trine ;

Qin, Junjie ;

Prifti, Edi ;

Hildebrand, Falk ;

Falony, Gwen ;

Almeida, Mathieu ;

Arumugam, Manimozhiyan ;

Batto, Jean-Michel ;

Kennedy, Sean ;

Leonard, Pierre ;

Li, Junhua ;

Burgdorf, Kristoffer ;

Grarup, Niels ;

Jorgensen, Torben ;

Brandslund, Ivan ;

Nielsen, Henrik Bjorn ;

Juncker, Agnieszka S. ;

Bertalan, Marcelo ;

Levenez, Florence ;

Pons, Nicolas ;

Rasmussen, Simon ;

Sunagawa, Shinichi ;

Tap, Julien ;

Tims, Sebastian ;

Zoetendal, Erwin G. ;

Brunak, Soren ;

Clement, Karine ;

Dore, Joel ;

Kleerebezem, Michiel ;

Kristiansen, Karsten ;

Renault, Pierre ;

Sicheritz-Ponten, Thomas ;

de Vos, Willem M. ;

Zucker, Jean-Daniel ;

Raes, Jeroen ;

Hansen, Torben ;

Bork, Peer ;

Wang, Jun ;

Ehrlich, S. Dusko ;

Pedersen, Oluf .

NATURE, 2013, 500 (7464) :541-+

[7] FOAM (Functional Ontology Assignments for Metagenomes): a Hidden Markov Model (HMM) database with environmental focus [J].

Prestat, Emmanuel ;

David, Maude M. ;

Hultman, Jenni ;

Tas, Neslihan ;

Lamendella, Regina ;

Dvornik, Jill ;

Mackelprang, Rachel ;

Myrold, David D. ;

Jumpponen, Ari ;

Tringe, Susannah G. ;

Holman, Elizabeth ;

Mavromatis, Konstantinos ;

Jansson, Janet K. .

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2014, 42 (19)

[8]

Raes J, 2011, ENV MICROBIOL REP, V3, P19

[9] Structure and function of the global ocean microbiome [J].

Sunagawa, Shinichi ;

Coelho, Luis Pedro ;

Chaffron, Samuel ;

Kultima, Jens Roat ;

Labadie, Karine ;

Salazar, Guillem ;

Djahanschiri, Bardya ;

Zeller, Georg ;

Mende, Daniel R. ;

Alberti, Adriana ;

Cornejo-Castillo, Francisco M. ;

Costea, Paul I. ;

Cruaud, Corinne ;

d'Ovidio, Francesco ;

Engelen, Stefan ;

Ferrera, Isabel ;

Gasol, Josep M. ;

Guidi, Lionel ;

Hildebrand, Falk ;

Kokoszka, Florian ;

Lepoivre, Cyrille ;

Lima-Mendez, Gipsi ;

Poulain, Julie ;

Poulos, Bonnie T. ;

Royo-Llonch, Marta ;

Sarmento, Hugo ;

Vieira-Silva, Sara ;

Dimier, Celine ;

Picheral, Marc ;

Searson, Sarah ;

Kandels-Lewis, Stefanie ;

Bowler, Chris ;

de Vargas, Colomban ;

Gorsky, Gabriel ;

Grimsley, Nigel ;

Hingamp, Pascal ;

Iudicone, Daniele ;

Jaillon, Olivier ;

Not, Fabrice ;

Ogata, Hiroyuki ;

Pesant, Stephane ;

Speich, Sabrina ;

Stemmann, Lars ;

Sullivan, Matthew B. ;

Weissenbach, Jean ;

Wincker, Patrick ;

Karsenti, Eric ;

Raes, Jeroen ;

Acinas, Silvia G. ;

Bork, Peer .

SCIENCE, 2015, 348 (6237)

[10] Characterization of Inflammatory Bowel Disease With Urinary Metabolic Profiling [J].

Williams, Horace R. T. ;

Cox, I. Jane ;

Walker, David G. ;

North, Bernard V. ;

Patel, Venisha M. ;

Marshall, Sara E. ;

Jewell, Derek P. ;

Ghosh, Subrata ;

Thomas, Huw J. W. ;

Teare, Julian P. ;

Jakobovits, Simon ;

Zeki, Sebastian ;

Welsh, Kenneth I. ;

Taylor-Robinson, Simon D. ;

Orchard, Timothy R. .

AMERICAN JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY, 2009, 104 (06) :1435-1444

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