禾本科microRNA156及其靶基因SPL转录因子的全基因组分析（英文）

目的:为了探究microRNA156(miR156)及其靶基因SPL两者在禾本科基因组中拷贝数以及它们在植物基因组中的进化选择关系。创新点:在5个已完成全基因组测序的禾本科作物中鉴定miR156及其靶基因SPL的拷贝数,利用比较基因组学和分子进化方法并结合DNA甲基化组数据阐明miR156及其靶基因SPL的起源和进化机制。方法:基于全基因测序序列鉴定SPL基因和MIR156基因及其成熟序列在基因组中的拷贝数,利用MEGA X软件构建起进化树;下载水稻不同组织中SPL和MIR156基因的转录组和DNA甲基化组数据,并根据软件与程序检测其表达量与DNA甲基化水平。结论:MIR156和SPL具有不同的起源和进化机制,SPL似乎是由垂直进化产生的,而MIR156似乎是对成熟序列的强烈进化选择产生的。