银杏EST序列中微卫星的分布特征

被引：30

作者：

樊洪泓

李廷春

李正鹏

林毅

蔡永萍

机构：

[1] 安徽农业大学生命科学学院

来源：

基因组学与应用生物学 | 2009年 / 28卷 / 05期

关键词：

银杏; 表达序列标签; EST-SSR; 重复基元;

D O I：

暂无

中图分类号：

S664.3 [银杏（白果）];

学科分类号：

090201 ;

摘要：

本文利用从NCBI下载的21590条银杏EST序列,分析了银杏(表达序列标签微卫星)EST-SSR在银杏EST序列的分布和比较了在不同长度EST序列中的SSR特性。在剔除冗余和低质量序列后,得到总长为5708.385kb的无冗余EST序列7961条,发现了405个EST序列(5.09%)含有475个SSR,长度400～1000bp的EST序列含SSR位点数为445个,占SSR总数的93.68%。二核苷酸和三核苷酸基元类型是银杏EST-SSR的主要类型,分别占SSR总数的73.89%和24.00%,最常见的SSR基元是:(AT)n、(AG)n、(AC)n、(AAG)n和(AAT)n。通过对银杏EST序列中SSR位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物,开发银杏EST-SSR分子标记奠定基础。

引用

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