茶树抗寒调控转录因子ICE1密码子偏性分析

运用CHIPS、CUSP和CodonW软件程序分析自主克隆的茶树(Camellia sinensis)ICE1(GenBank登录号JX029153)的密码子的偏性,并与茶树基因组及萝卜等7种植物的ICE1密码子偏性进行比较。结果表明,茶树ICE1偏好于以A/T结尾的密码子;与茶树基因组密码子偏性相比,发现只有6种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ICE1的碱基组成在单子叶植株大麦与7种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中,基于基因CDS序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3种外源受体密码子使用频率比较发现,与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有25个,与酵母基因组差值较大的有15个,与拟南芥基因组差值较大的有10个,这预示着ICE1在拟南芥中的表达效率最高,若要在其他外源受体中进行高效表达,尚需对其密码子进行优化。