籼稻品种93-11同义密码子的使用偏性

被引：44

作者：

刘庆坡

谭军

薛庆中

机构：

[1] 浙江大学农业与生物技术学院农学系,杭州华大基因研发中心,浙江大学农业与生物技术学院农学系杭州杭州华大基因研发中心,杭州,杭州,杭州杭州华大基因研发中心,杭州

来源：

遗传学报 | 2003年 / 04期

关键词：

水稻; 同义密码子使用偏性; 基因表达水平; 基因长度; 编码区G+C含量; 起始编码区; 最优密码子;

D O I：

暂无

中图分类号：

S511.21 [];

学科分类号：

0901 ;

摘要：

利用籼稻品种 93 11的全基因组序列及相应的EST数据 ,对影响同义密码子用法的若干因子进行了详细分析。指出 93 11基因的表达水平 (mRNA丰度 )与 3个同义密码子偏性指标CAI、CPP和ENC相关极显著 (r =0 2 2 7 ,0 14 5 和 - 0 14 7 ) ,表明高表达的基因其同义密码子非随机使用的程度越大 ;基因长度与CAI和CPP极显著负相关 (r=- 0 4 13 和 - 0 4 80 ) ,与ENC极显著正相关 (r=0 2 10 ) ,暗示较短的基因具有更高的转录活性 ;编码区G +C含量对其同义密码子偏性的贡献率远高于mRNA丰度和基因长度 ,G +C含量与CAI、CPP和ENC相关系数分别高达 0 877 ,0 832 和 - 0 74 0 ;起始编码区内A、T、C、G 4种碱基呈明显的 3周期振荡 ,尤以ATG下游第一个密码子所在的 3个位点 (+4、+5和 +6 )偏置最强烈 ,由此认为在这 3个特殊位点有较高的自然选择压存在 ;93 11中 2 5个最优密码子的首次确定将对水稻转基因具有指导意义。

引用

页码：335 / 340

页数：6

共 4 条

[1] 密码子优化的牛精蛋白基因在大肠杆菌中的表达 [J].