目的对北京地区2007年4-9月儿童手足口病流行期间的临床特点及病原学进行研究。方法对首诊手足口病者进行表格式记录并采集其中61例患儿的88份标本(咽拭子48例,疱疹液40例)进行病毒分离,并分别用EV71和CA16的VP1基因的特异性引物进行RT-PCR鉴定。结果其中44例患儿的62份标本中分离到病毒,阳性率70.45%。所分离的病毒经RT-PCR检测,42例为CA16,占95.45%;2例为EV71,占4.55%,两者之比为211∶。两种病毒感染的临床表现、发病特点及流行特征差异无统计学意义(P>0.05)。结论2007年北京手足口病患儿中的主要病原是CA16和EV71;CA16与EV71所致的手足口病临床上很难区别。