文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析

被引：14

作者：

李冬梅

吕复兵

朱根发

操君喜

孙映波

刘海林

王真

机构：

[1] 广东省农科院花卉研究所/广东省园林花卉种质创新与利用重点实验室

来源：

广东农业科学 | 2012年 / 39卷 / 10期

关键词：

文心兰; 叶绿体基因组; 密码子使用; 对应分析; GC含量; 最优密码子;

D O I：

10.16768/j.issn.1004-874x.2012.10.058

中图分类号：

S682.31 [兰科植物];

学科分类号：

090706 ;

摘要：

通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59%,明显低于GC1和GC2含量,说明密码子第3位富含AT。GC1与GC2极显著相关(r=0.572**),GC3与GC1(r=-0.051)和GC2(r=-0.08)均未达到显著水平。对应性分析表明第一向量轴上基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.556**),与GC3和ENC的相关系数分别为0.025和0.281,均未达到显著水平;GC含量与ENC、CAI以及第一向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.228、0.381*和-0.354*。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合,确定了17个为文心兰叶绿体基因组的最优密码子。

引用

页码：61 / 65

页数：5

共 6 条

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