宏基因组研究的生物信息学平台现状

被引：17

作者：

叶丹丹 ^{[1
]}

樊萌萌 ^{[1
]}

关琼 ^{[1
]}

陈红菊 ^{[1
,2
]}

马占山 ^{[1
]}

机构：

[1] 中国科学院昆明动物研究所遗传资源国家重点实验室计算生物学与医学生态学研究组

[2] 红河学院数学学院

来源：

动物学研究 | 2012年 / 33卷 / 06期

基金：

中国国家自然科学基金;

关键词：

宏基因组学; 扩增子测序; 全基因组测序; 生物信息学平台; 高通量测序技术;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q75 [分子遗传学];

学科分类号：

071007 ;

摘要：

由Handelsman et al(1998)提出的宏基因组(metagenome)泛指特定环境样品(例如:人类和动物的肠道、母乳、土壤、湖泊、冰川和海洋等环境)中微生物群落所有物种的基因组。宏基因组技术起源于环境微生物学研究,而新一代高通量测序技术使其广泛应用成为可能。与基因组学研究相类似,目前宏基因组学发展的瓶颈在于如何高效分析高通量测序产生的海量数据,因此,相关的生物信息学分析方法和平台是宏基因组学研究的关键。该文介绍了目前宏基因组研究领域中主要的生物信息学软件及工具;鉴于目前宏基因组研究所采用的"全基因组测序"(whole genome sequencing)和"扩增子测序"(amplicon sequencing)两大测序方法所获得的数据和相应分析方法有较大差异,文中分别对相应软件平台进行了介绍。

引用

页码：574 / 585

页数：12

共 10 条

[1]

基于de Bruijn图的DNA contig生成算法.[D].王旭.哈尔滨工业大学.2011, 05

[2] 宏基因组学及其研究进展 [J].